Скачайте и разархивируйте исходные коды SQUID:

tar xvfz squid-2.x.tar.gz

Серевер SQUID нужно скомпилировать с поддержкой схем авторизации и модулем winbind, для этого запустите файл конфигурации с параметрами:

-enable-auth="ntlm,basic"
-enable-basic-auth-helpers="winbind"
--enable-ntlm-auth-helpers="winbind"

Кроме того, SQUID поставляется с файлами заголовков определенной версии SAMBA.
Если у ваша версия SAMBA не совпадает, необходимо при конфигурировании добавить следующую строку:

--with-samba-sources=путь,

где путь - путь к заголовкам вашей версии SAMBA.

Возможно, наиболее правильным решением является в любом случае собирать SQUID с файлами заголовков той версии SAMBA, что установлена в вашей системе.

далее компилируем и инсталлируем SQUID:

make
make install

Проверяем авторизатор SQUIDа на работу с winbind. Для этого нужно запустить:

/usr/local/squid/libexec/wb_auth -d

И ввести вручную домен+имя пароль (через пробел).

Если все работает корректно, то буден выдан ответ:

/wb_auth[91945](wb_basic_auth.c:129): Got 'dmn XXXXX' from squid (length: 10)
/wb_auth[91945](wb_basic_auth.c:55): winbindd result: 1
/wb_auth[91945](wb_basic_auth.c:58): sending 'OK' to squid

Конфигурируем SQUID на работу с winbind авторизацией.

в файл /etc/squid/squid.conf добавляем строки:
auth_param ntlm program /usr/local/squid/libexec/wb_ntlmauth
auth_param ntlm children 5
auth_param ntlm max_challenge_reuses 0
auth_param ntlm max_challenge_lifetime 2 minutesauth_param basic
program /usr/local/squid/libexec/wb_auth
auth_param basic children 5
auth_param basic realm Squid proxy-caching web server
auth_param basic credentialsttl 2 hours

Причем важно чтобы NTLM авторизация шла первой, иначе будет применяться авторизация basic, и IE будет спрашивать пароль.